菌落指细菌在固体培养基上发育而形成的能被肉眼所识别的生长物，它是由数以万计的相同细菌聚集而成的，故又有细菌集落之称。菌落总数是在一定条件下，经一定时间培养后所得1mL水样中微生物菌落个数。水中菌落总数可作为评价水质清洁程度和考核净化效果的指标。菌落总数增多说明水体已被污染，但不能说明污染来源，也不能说明该水体传播传染病的风险程度。因此，必须结合总大肠菌群来判断水质污染的来源和安全程度。
平皿计数法是水质菌落总数的常用检测方法，其原理是1mL水样在营养琼脂培养基上、在有氧条件下36℃±1℃培养48h后，所得1mL水样中的菌落总数的方法。具体的检测步骤如下：
1.生活饮用水
以无菌操作方法用无菌吸管或移液器吸取1mL充分混匀的水样，注入无菌平皿中，倾注约15mL已融化并冷却到45℃左右的营养琼脂培养基，并立即旋摇平皿，使水样与培养基充分混匀，每次检验时应做一平行接种，同时另用一个平皿只倾注营养琼脂培养基作为空白对照。
待冷却凝固后，翻转平皿，使底面向上，置于36℃±1℃培养箱内培养48h±2h，进行菌落计数，即为1mL水样中的菌落总数。
2.水源水
以无菌操作方法用无菌吸管或移液器吸取1mL充分混匀的水样，注入盛有9mL无菌生理盐水的试管中，混匀成1：10稀释液；
用无菌吸管或移液器吸取1：10的稀释液1mL注入盛有9mL无菌生理盐水的试管中，混匀成1：100稀释液；
按同法依次稀释成1：1000、1：10000等稀释度的液体备用。每稀释一个稀释度，应更换一次1mL无菌吸管或吸头。
用无菌吸管或移液器吸取2个~3个适宜稀释度的水样1mL，分别注入无菌平皿内。以下操作同生活饮用水的菌落总数检验步骤。
3.实验数据处理
水质菌落总数结果报告可用眼睛直接观察，必要时用放大镜检查，以防遗漏。
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