河流生态修复工程中的水质监测一般指对修复工程后河流生态系统所开展的长期水体监测。制定水质监测方案，首先应明确监测目的，确定监测对象、设计监测位点，合理安排采样时间和频率，选定采样方法和分析测定技术，提出监测报告要求，制定质量保证程序、措施和方案的实施计划等。
河流水质监测断面的设置：
所选监测断面在总体上能反映工程所在区域的水质状况。监测断面的设置数量，应根据实际需要，考虑对污染物时空分布和变化规律的了解、优化的基础上，以最少的断面、垂线和测点取得代表性最好的监测数据，同时还须考虑实际采样时的可行性和方便性。对于江、河水系或某一河段，要求设置对照断面、控制断面和削减断面。
河流水质检测水样采集时间和频率：
为使采集的水样具有代表性，能够反映水质在时间和空间上的变化规律，必须确定合理的采样时间和采样频率，力求以最低的采样频次，取得最有时间代表性的样品。我国地表水水质监测规范要求如下：
1.饮用水源地、省(自治区、直辖市) 交界断面中需要重点控制的水质监测断面每月至少采样1次。
2. 国控水系、河流、湖、库上的监测断面，逢单月采样 1次，全年 6 次。
3.水系的背景断面每年采样1次。
4.受潮汐影响的水质监测断面的采样，分别在大潮期和小潮期进行。每次采集涨、退潮水样分别测定。涨潮水样应在断面处水面涨平时采样，退潮水样应在水面退平时采样。
5.如某必测项目连续3年均未检出，且在断面附近确定无新增排放源，而现有污染源排污量未增的情况下，每年可采样1次进行测定。一旦检出，或在断面附近有新的排放源或现有污染源有新增排污量时，即恢复正常采样。
6.国控水质监测断面(或垂线)每月采样1次，在每月5-10日内进行采样。
7.遇有特殊自然情况或发生污染事故时，要随时增加采样频次。
8.在流域污染源限期治理、限期达标排放的计划中和流域受纳污染物的总量削减规划中，以及为此所进行的同步监测。
9.为配合局部水流域的河道整治，及时反映整治的效果，应在一定时期内增加水质采样频次,具体由整治工程所在地方环境保护行政主管部门制定。
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