污水处理中，如果采用化学除磷，原理是投加无机金属盐进行化学沉析，这个方法能有效去除溶解在废水里的正磷酸盐、聚合磷酸盐和有机磷酸盐，但忽视了一些不可溶的磷。比如生物除磷时利用聚磷菌在好氧条件下过量摄入磷元素合成聚合磷酸盐储存在体内的特性，再通过排泥的方式去除这部分磷。为了保证池子里始终有足够数量的聚磷菌，需要把一部分吸饱了磷的聚磷菌送回厌氧池把磷释放出来，然后再次进入好氧池完成增殖。生物除磷比化学除磷更容易出状况，但凡有东西让聚磷菌这套流程走不通，出水总磷就超标了。
污水处理出水总磷超标的原因：
1.温度
虽然聚磷菌属于对温度不太敏感的类型，但也只是相对而言,该怕冷时还是怕冷，低于10°C时生长速度明显减缓。
2.pH
生物除磷的pH在6.5-8比较合适，pH低了会影响吸磷效率,而且pH下降造成的影响是破坏性的，经过短时间大幅下降后哪怕再提升回原样，吸磷效率也无法恢复。
3.溶解氧
溶解氧浓度是聚磷菌聚磷和释磷的判断条件，厌氧池溶解氧不能高于0.2mg/L,好氧池溶解氧不能低于2mg/L,否则会影响聚磷菌走流程。
4.泥龄
对于除磷而言，排泥越快除磷就越多，但为了保证好氧池污泥的正常活性，泥龄一般控制在8天左右。
5.碳磷比
C:P大于20时,聚磷菌的正常新陈代谢才能保证。
6.硝态氮浓度
厌氧区的微生物处理硝态氮会消耗有机质,如果硝酸盐浓度大于2mg/L会明显抑制聚磷菌的释磷，保险起见，一般会控制在1.5mg/L以下。
污水总磷排放标准限值：
污水排放中，水污染物排放标准不同，总磷标准限值不同，具体如下：
生活污水中的磷主要来自餐厨废水和洗衣粉残留，然而市政污水厂最头疼的还是总氮问题，所以常常会小看总磷。而水处理中，人们对除磷的掌控也不如脱氮，尤其是对除磷微生物的研究力度远远小于对脱氮微生物的研究力度，所以现在看来总磷超标的原因更像玄学问题。在系统运维上，聚磷菌的最适条件偶尔会和其他微生物发生冲突，不少人就会默认放弃聚磷菌，选择偏向硝化/反硝化菌。
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